当面予算が少ないので、何回かに分けてやってもいいですか？

一度に工事を行うほうが費用的には割安ですが、どうしても都合がつかないときは、将来さらに工事を行うという前提で、当面の設計を行ってもらうとよいでしょう。そうすればやりなおしなどで、無駄な費用が発生しなくてすみます。この場合、同じ会社に将来も依頼するのが前提です。